Keski-Amerikan alueellisen sekä kansalaisjärjestöjen yhteistyön lisäksi Suomella on myös muita yhteistyömuotoja. Tärkeimpiä yhteistyöinstrumentteja ovat instituutioiden välinen yhteistyö (IKI) sekä liikekumppanuusohjelma Finnpartnership. IKIn tarkoituksena on vahvistaa suomalaisten ja kehitysmaiden valtiollisten instituutioiden sekä yliopistojen ja ammattikorkeakoulujen välistä yhteistyötä.
